In deinem Template fehlt der indexer WebBug der die indexierung anstößt. Du musste folgendes for dem </body> tag in der main.php deines Templates einfügen (und danach etwas Geduld haben bis der Index erstellt ist, das erfolgt wenn Seiten in deinem Wiki betrachtet werden):
<div class="no"><?php /* provide DokuWiki housekeeping, required in all templates */ tpl_indexerWebBug()?></div>
Gruß