Для Линукса.
echo "Backup dokuwiki data"
now=$(date +"%F")
tarfile="$now.tar.gz"
echo $tarfile
tar -czf $HOME/archive/wiki-$tarfile $HOME/public_html/dokuwiki/data
echo "Done"[/color]
Помещаете этот файлик в вашу bin директорию и заводите cron job с нужной вам частотой.
Мой провайдер позволяет создавать cron job только через панель управления, зато по исполнению присылает мне письмо с текстом (для этого эхи и выставлены). После этого я захожу через ssh/sftp и копирую архив себе домой. Автоматизировать отсылку архива не стал.
Ну а если Windows сервер, то идея такая же - пишите маленький скрипт (PowerShell рекомендую освоить) в котором сжимаете data директорию и отправляете куда надо. PowereShell это может, гуглите...
PS
Если можно обойтись системными средствами то я стараюсь минимизировать количество плагинов. Это уменьшает вероятность конфликтов.