Habe auch mal den fckeditor installiert keine Änderung. Danach habe ich mal in der Konfiguration auch die internen Links mit _blank versehen. Danach sahen die Einträge so aus
<li class="level3"><a title="archive_for_lichenology" target="_blank" class="wikilink1" href="/doku.php?id=archive_for_lichenology">Archive for Lichenology</a></li>
Das klappte auch. Danach habe ich in der Konfiguration das _blank wieder aus genommen und den Code von oben hinein kopiert.
Resultat, er nimmt den Teil mit dem _blank automatisch heraus.
Danach habe ich das einfach mal auf einer Seite und nicht im navi versucht. Resultat, auch da wird _blank heraus genommen.