Du kannst wohl suchen, kannst aber nix mehr finden, oder? :-)
Wenn Du die Dateien nicht mit dokuwiki sondern direkt auf Datei-Ebene verschoben hast, ist der Index von dokuwiki wohl nicht mehr "konsistent"; Dokuwiki weiß von Deinen Änderungen nichts.
Lad Dir das plugin "searchindex Manager", rufe ihn in dokuwiki auf und lass den index neu erstellen. Dann könnte das Problem behoben sein.
Index neu erstellen lassen dauert ganz ganz grob bei uns 0,5 sec pro Seite.