Bonsoir!
Tout d'abord bienvenue à toi! :-)
Pour répondre à ta question, c'est tout simple : pour éviter la présence de pages orphelines, càd de pages sur lesquelles aucun lien ne pointe, DW pousse à créer le lien d'abord : c'est à dire que dans un article, tu vas écrire un lien de la forme :
[[:racine:categorie:sous-categorie:page|texte]]
ou encore :
[[sous-categorie:page|texte]]
si la page dans laquelle tu écris se trouve dans ":racine:categorie".
Après avoir enregistré ta page, tu pourras cliquer sur le lien, et ainsi atterrir sur une page vide, en haut de laquelle se trouve un bouton "créer la page". Clic, édition, sauvegarde, et le tour est joué! Tu pourras vérifier en utilisant le bouton "Index", en bas à droite des pages, que la hiérarchie de "dossiers" (on parle plutôt de namespaces pour un wiki) "racine\catégorie\sous-catégorie\" a bien été créée.
Autre manière de faire : dans la barre d'adresse, taper directement :
http://monsite.com/path/to/wiki/doku.php?id=racine:categorie:sous-categorie:page
puis cliquer sur "Créer la page", etc... mais en faisant comme ça, tu prends le risque d'oublier de mettre un lien vers ta page et donc de la rendre orpheline.
Voilà voilà, bonne soirée!
Edit : si jamais tu ne trouves pas ce procédé pratique, tu peux éventuellement utiliser le plugin addnewpage :
http://www.dokuwiki.org/plugin:addnewpage, mais tu prends le même risque qu'en tapant directement l'id de la page dans la barre d'adresse.