Hola de nuevo. Espero poder seguirte ayudando.
Para saber si tienes que hacer modificaciones a tu
.htaccess: depende de qué tipo de hosting y permisos tienes. Por ejemplo: ¿tienes activadas "URL bonitas" o asignas memoria extra a PHP en tu DokuWiki? Si es ese el caso tienes que editar el .htaccess. Una guía rápida para saber si tienes que modificar o no sería "si en tu vieja instalación tenías que editar el .htaccess para algo, en la nueva también" pero no sé qué tan cierto será, más que nada solamente vale cuando haces modificaciones en un hosting.
Para saber si tienes que habilitar/deshabilitar/instalar algún módulo: Reindexa la wiki (busca en la
wiki cómo se hace) o borra la caché; cuando las páginas que visites se autogeneren, la mayoría de los plugins te indicarán si te faltan dependencias. Más allá de eso no se me ocurre nada específico.