Почему пугает? У вас нет хорошего инструментария для работы с базами данных?
Trac уже раз "отваливался", бд навернулась и всю инф-ию нельзя было восстановить.
Я и понял вопрос, и не понял его. Поскольку используется база данных (MySQL или PostgreSQL) для хранения информации, то число записей должно быть огромным. На трекере «Докувики» сейчас под три тысячи сообщений, на трекере Flyspray — под две тысячи.
Статья в Википедии —
http://ru.wikipedia.org/wiki/Система_отслеживания_ошибок.
Какие системы вы рассматривали?
Число записей под 2000 самое то.
Сейчас рассматриваю то, что вы посоветовали - flyspray, а так использую плагин issuetracker (пришлось немного изменить его под свои нужды)