Hi,
das h1 schon "in Verwendung" ist bezieht sich wohl auf die headline "testwiki" die du wahrscheinlich per position: absolute; ausgerichtet hast (nur geraten ;-)). An deiner Stelle würd ich diese headline in der main.php nochmal entweder in ein separates div packen oder eben den Inhalt also <?php tpl_content()?>.
Die Ausgabe der Überschriften lässt sich zwar beeinflussen, im Fall von "dieses Thema existiert noch nicht" indem man die sprach-files bearbeitet, aber: Dann müsste jeder der das Template mal benutzen will dies auch tun!
Die fusszeile von der du gesprochen hast findest du in der <dokuwiki>/lib/tpl/<deintemplate>/main.php etwas weiter unten (kommt mir bekannt vor ;-)). Dort sind links in der form:
<?php tpl_actinlink('login')?>
Die Funktionen geben nur die links aus, du kannst diese also einfach die Funktionsaufrufe in eine Liste packen.