На самом деле, в head имеет смысл пихать только вторую часть, <script, a первую часть <a href и третью <noscript> вставлять туда, где нужен счётчик, т.е. в подвал
Изрядный кусок скрипта занимается банальщиной - вставкой своего скрипта tag.js перед первым скриптом страницы (в предположении, что сейчас нет сайтов, которые вообще не пользуются скриптами, хотя Докувики пакетирует свои скрипты в js.php и не палит тег script зазря)
(function(m,e,t,r,i,k,a){ ... k=e.createElement(t),a=e.getElementsByTagName(t) 0],k.async=1,k.src=r,a.parentNode.insertBefore(k,a)})
(window, document, "script", "https://mc.yandex.ru/metrika/tag.js", "ym");
Расставив переменные, получаем
k = document . createElement ( "script" ),
a = document . getElementsByTagName ( "script" ) [ 0 ],
k . async = 1,
k . src = "https://mc.yandex.ru/metrika/tag.js",
a . parentNode . insertBefore ( k, a )
Так что можно сделать проще - сразу за объявлением title в теге head в main.php доку-шаблона прописать <script src = "//mc.yandex.ru/metrika/tag.js" async></script>
, а из счётчика вырезать k=e.createElement(t),a=e.getElementsByTagName(t) 0],k.async=1,k.src=r,a.parentNode.insertBefore(k,a)