zu 1) du kannst ruhig zunächst das AD nutzen. Das kann man jederzeit wieder ändern - es sei denn du benötigst eine
komplizierte Rechte/Rollenstruktur bis auf einzelne Seite herunter. Dann hast du gfs. etwas Arbeit bei der Umstellung ;-)
zu 2) Eine Vorplanung und Vorgabe der Struktur ist
sehr sinnvoll. Trotzdem werden sich immer wieder Änderungen ergeben. Dafür gibt es aber das
Move-Plugin https://www.dokuwiki.org/plugin:move, mit dem man ganze Namensräume verschieben oder umbenennen kann.
zu 3) Beim Backup ist nichts besonderes zu beachten, weil es wie du schon sagst nur Dateien sind. Das macht die Sache sehr einfach - gerade für einen Systemwechsel: Einfach alles kopieren, ein paar Konfigurationen ändern und fertig :-)
zu 4) Hauptsächlich Optik aber zum Teil auch zusätzliche vorgefertigte Funktionalität. Wenn ihr viel mit Smartphones arbeitet, schau dir mal das
White-Template https://www.dokuwiki.org/template:white an.
Gutes HowTo siehe
https://www.dokuwiki.org/start?id=de:manual