bou boubou comme dit la chanson !
Il existe une bonne centaine de façon de faire cela.
par exemple en modifiant le template de ton site !
http://www.dokuwiki.org/fr:template
sinon il y a aussi une vielle méthode plus guère d'actualité :
<?php /*old includehook*/ @include(dirname(__FILE__).'/header.html')?>
tout ça se trouve la :
dokuwiki\lib\tpl\default