Le but est de pouvoir modifier la contenu de cette doc en ligne ? Car transformer un doc static en html en syntaxe wiki pour y retransformé en html statique je ne vois pas trop l'intéret ...
Sinon il y a moyen d'intégrer du code html directement dans doku via les balises <html></html> (qu'il faut activé dans les options, déconseiller pour un wiki ouvert à tous pour les modifications) ou via un plugin par exemple
http://www.dokuwiki.org/plugin:includeuserpage
A mon avis
- le mieux : une feuille css pour avoir un rendu homogène entre le wiki et les pages Doxygen "brute".
- moins bien mais pas mal quand même : faire un script qui ne ne prend que le contenu entre <body>et </body> des pages Doxygens, corrige les liens, met ce contenu entre les balise <html></html> de doku et coller le fichier texte créer dans /doku/data/pages ou utiliser un plugin type includeuserpage
- le moins bien : parser les pages Doxygen pour en faire de la doku syntaxe !