para subir archivos por medio de la dokuwiki, en la barra de herramientas, deberias tener un link donde pone : Subir Archivo -> Te mandará a un gestor de subida muy intuitivo.
si está deshabilitado puedes habilitarlo desde el administrador en Administrar -> parámetros de configuración ( si aún asi no lo encuentras puedes entrar mediante el enlace: [[
http://localhost/wiki/lib/exe/mediamanager.php|Subir Archivo]]
No se si entiendo, pero si en la otra pregunta te refieres a editar un fichero que subes previamente a la dokuwiki no se puede, en todo caso podrías subirlo y reemplazarlo una vez editado.
espero servir de algo Saludos ! :)
edito : Si lo que necesitas es subir cantidades de archivos o convertir desde ciertos formatos hay muchos plugins como el doc2tree o incluso un macro de exel para transferir tablas Excel2Dokuwiki creo que se llamaba